「硬組織疾患制御再建学部門」においては、永年硬組織の石灰化機構及び骨や歯の形態維持機構を微細構造学的に研究してきた形態系研究者と、骨代謝機構について分子細胞生物学的研究を国際的にリードしてきた生化学・分子生物学系研究者が有機的に結集している。加えて、遺伝子工学・病理学・生体材料学・臨床歯科学の専門家も含まれ、最先端の硬組織研究施設により顎顔面口腔領域の疾患及び形態・機能異常についての研究を行っており、生体親和性の高い天然素材を中心とした骨補填材の研究・開発も本研究部門の特色の一つである。

「顎口腔機能制御学部門」は、摂食･咀嚼・嚥下など種々の口腔機能について、その円滑な遂行に働く生体機構を神経生理学的及び分子形態学的に研究するとともに、摂食や咀嚼が全身機能の調節に及ぼす影響、顎口腔機能の加齢変化等について解明する。さらに、それらの機能が先天的あるいは後天的に傷害された場合の臨床病態について解析し歯科医療の科学的根拠となる生理･形態機構を解明することを目的とする。
新たに結集した神経生理学者と咀嚼機能の専門家が、摂食・咀嚼・嚥下機能の障害に対する新しい治療方法の開発に取り組んでいる。

「健康増進口腔科学部門」は「硬組織疾患制御再建学部門」「顎口腔機能制御学部門」で行われた研究をさらに歯科臨床の場で実践可能にするために、口腔疾患の予防や治療のみならず、口腔機能の恒常性の維持・増進を図り、生活の質（QOL）の向上やリハビリテーション分野への参加等、社会歯学的側面から研究が続けられている。